Du könntest evtl. mal versuchen die betreffenden Ordner auf einen mit FAT32 formatierten Datenträger und wieder zurück zu kopieren. Dabei dürften erweiterte Attribute, welche nur NTFS unterstützt, verloren gehen. Auch das brennen auf eine CD-RW und zurück kopieren könnte helfen.
Vorher aber die alte Struktur bzw. die orig. Ordner löschen und nicht nur wieder hinein kopieren. Die müssen komplett neu erstellt werden!
Ich gehe jetzt einfach mal frech davon aus das du NTFS nutzt

Ansonsten ist bestimmt was mit den Dateien nicht i.O..